深圳華大基因研究成果再上《自然 遺傳學》
2010年10月26日 南方日報訊(記者/馬芳通訊員/王靜思)筆者從深圳華大基因研究院獲悉,昨日,由中國農業大學玉米中心、華大基因研究院、美國愛荷華大學、明尼蘇達大學等單位合作的研究成果"基因丟失與獲得的多態變化揭示玉米中的雜交優勢的機制"在國際權威科學雜誌《自然—遺傳學》上發表。文章指出,目前的玉米育種對遺傳資源的組合利用很有限,還存在著巨大潛力。據瞭解,該研究報導了中國重要玉米骨幹親本的全基因組的單核苷酸多態性、插入/缺失多態性以及基因獲得和缺失變異圖譜,對玉米的遺傳學研究和分子育種提供了非常有價值的資源。研究人員選擇了中國歷史上和目前廣泛流行的高產雜交組合骨幹親本,並且根據多態性追蹤了這些骨幹親本育成過程中基因組的變化方式。該研究還發現這些骨幹親本組合基因組的組合可以彌補另一方功能元件的缺失,這種基因丟失與獲得的多態變化和其他無義突變的互補作用可能與雜種優勢有關。該項研究對6個中國重要玉米雜交組合骨幹親本進行全基因組重測序,利用SOAP軟體v2.18比對獲得的12.6億75bp的雙末端片段與玉米的參考基因組序列,發現了100多萬個單核苷酸多態性位點(SNPs)和3萬多個插入缺失多態性位點(IDPs),建立了高密度的分子標記的基因圖譜。同時研究還發現了101個低序列多態性區段,在這些區段中含有大量在選擇過程中與玉米性狀改良有關的候選基因。此外,通過將玉米自交系Mo17及其他自交系的基因序列與玉米自交系B73的基因序列比對,研究人員對玉米自交系中基因丟失與獲得的多態性進行了研究,發現在不同的自交系中存在不用數量的基因丟失與獲得性變異；利用SAOPdenovo軟體對在其他自交系中存在而在B73中缺失的序列進行組裝,研究人員發現了很多目前公佈的B73參考基因組序列中丟失的基因。這些發現不僅為高產雜交玉米育種骨幹親本的培育提高了重要的多態性標記,同時也補充了玉米基因資料集,為進一步挖掘玉米基因組和遺傳資源提供了大量資料。
解讀生命密碼搶佔科學前沿
2010年10月28日 14:08:50 來源： 深圳特區報; 楊煥明：人物檔案; 楊煥明，1952 年10月生於浙江溫州，畢業于原杭州大學（現浙江大學）生物係。 1982年于南京鐵道醫學院（現東南大學）獲碩士學位，1988年於丹麥哥本哈根大學獲博士學位。1994年回國任中國醫學科學院教授。1998年組建中國科學院遺傳研究所人類基因組中心，1999年作為創始人之一組建北京華大基因研究中心，2007年又組建了深圳華大基因研究院，當年就完成了全球首張黃種人全基因序列圖譜"炎黃一號"的繪制。現為深圳華大基因研究院理事長，中科院院士。他帶領團隊多項成果在《自然》《科學》等國際學術重要雜志上發表，共在國際刊物上發表論文上百篇，至今已獲得國家傑出青年科學基金、國務院"政府特殊津貼"等10餘項榮譽。楊煥明，一個長期從事人類遺傳學、人類基因定位與基因組科學研究的學科帶頭人！他先後參與、主持完成了嗜熱桿菌基因組、人類基因組"1％測序"、人類基因組單體型圖（HapMap）"中國卷"的完成、水稻、家蠶、家雞、大熊貓等大型基因組和多種微生物基因組的測序和分析課題研究、第一個亞洲人全基因組測序和分析，在《自然》、《科學》等國際學術重要刊物上發表相關論文100餘篇，其代表性文章引用次數達1．5萬次以上，先後獲得"傑出科技成就集體獎"、"國家自然科學獎二等獎"、"2002年世界科學領袖"、"2003年度中國科學院傑出成就科技獎"等十多項殊榮，在中國乃至世界基因組學研究領域享有盛譽。篳路藍縷 立志科研; 從1978年畢業於杭州大學生物係，到獲得南京鐵道醫學院（現東南大學）碩士學位並留校任教；從1984年赴哥本哈根大學獲得博士學位到後來在法、美繼續博士後研究，楊煥明始終都在關注生物和基因組學的前沿動態，為推動中國在這一科研領域的發展孜孜不倦，求學深造。1994年，懷著科技報國的熱情和理想，楊煥明帶著最先進的科學知識義無反顧地回到祖國，立志在基因組學研究道路上書寫出中國人的輝煌篇章。他來到中國科學院遺傳研究所，很快投入到科研一線，並於1998年組建了中國科學院遺傳研究所人類基因組中心。1999年，他又作為創始人之一，組建了北京華大基因研究中心。2007年，華大基因主力移師深圳，成立了深圳華大基因研究院，楊煥明是該院創始人之一，他致力於將深圳華大基因研究院逐漸發展為"產學研"一體，跨學科、跨產業、跨地域、跨國界發展的領域前沿和培養年輕科研隊伍的陣地。除了利用一切條件為中國基因組學研究創造良好環境，楊煥明還作為領軍人物參與了最前沿的科學研究。他既當指揮員，又當戰鬥員，帶領團隊先後參與、主持了世界第一個亞洲人全基因組的測序和分析等一係列基因組研究。在國際合作方面，華大基因已啟動了"中丹合作糖尿病項目"、"中國歐盟合作腸道微生物項目"等，並與丹麥科學家成立了"中丹癌症研究中心"、與香港中文大學成立了"中華基因組研究中心"，為中國和世界基因組學研究和人類基因組研究作出了開拓性的貢獻。正是憑借著這些突出貢獻，就在華大基因落戶深圳的2007年，楊煥明個人也獲得了中國科學界的崇高榮譽，成為一名光榮的中國科學院院士。
銳意爭先 搶佔高地; 科研如打仗，誰先佔領了高地，誰就贏得了主動權！楊煥明常說，生物資源成為繼國土資源之後的又一個可供再爭奪、再佔有的戰略資源。人類基因組計劃所發展起的戰略與技術，使生物資源由原先的群體種質資源轉變為序列化和資訊化。他認為，要從戰略高度認識到這一點，否則就可能使我們的生物資源流失，使生物產業失去源頭與上遊，使建立生物技術成為無米之炊。因此，楊煥明一直積極倡導我國加入國際人類基因組計劃、承擔國際人類基因組計劃1％測序任務，使中國成為繼美、英、法、德、日五國之後參與國際"人類基因組計劃"的第六國，也是唯一參與的發展中國家。這個"1％"，是艱巨的"1％"！它要完成第三號染色體上的3000萬鹼基對的測序和初步組裝。楊煥明在該項目的設計、運作中發揮了重要作用。他帶領華大基因的一班年輕科學家艱苦研究，僅僅歷時半年就圓滿完成了1％人類基因組計劃任務。這一任務的完成，標誌著我國已掌握生命科學領域中最前沿的大片段基因組測序技術，在開發和利用寶貴的基因資源上已處於與世界發達國家同步的地位，在結構基因組學中佔據了一席之地。"要做好一件事，不能只是搶佔先機，還要發展強大，走到前沿去。"楊煥明表示，基因組學研究在中國的發展只是個開始，還需要培養更多的專業人才，投入更大的精力，繼續把基因組學研究推向深入，以謀求在國際相同領域內取得更優異的成績。
深圳華大基因研究院，是一支年輕而富有朝氣的尖端科研集體。在進行基因組學基礎科學研究的基礎上，楊煥明主張建立由基因組學、生物資訊學、蛋白質組學等多個技術平臺組成的"大科學"研究體係，將生命科學、生物技術和資訊技術等領域有機結合起來，通過基因組學的研究促進生物與資訊交叉學科的發展，並拓展生物資訊的計算理論和軟體開發，帶動與生物資訊配套的高性能大型電腦設計和生產，以及海量數據處理係統的建立。目前，楊煥明參與主創的深圳華大基因研究院擁有具備全球競爭力的大規模、高通量、低成本DNA測序技術平臺，該平臺的測序能力雄踞世界首位。培養人才 走向未來; 科研是接力賽，人才是關鍵！為了把中國的基因組學研究推向世界前沿，楊煥明堅定他的戰略目光，下狠功夫培養一支年輕而富有活力的人才隊伍，使一批批年輕科學家在國際科技領域頻顯身手。深圳華大基因組建當年，這支充滿朝氣的團隊就完成了"炎黃一號"——首個亞洲人基因組計劃；2008年1月，又與英、美科學家組成"國際協作組"，啟動了"千人基因組計劃"，為人類健康造福。同年，他們還完成了國際首例"國際大熊貓基因組計劃"——全球首個公佈的用新測序技術完成的第一個高等動物基因組。該成果在深圳十屆高交會上展出，受到廣泛關注；去年3月，楊煥明所帶領的深圳華大基因研究院與華南理工大學共同成立了基因組科學創新班，招收了共25名學生。令外界頗為驚訝的是，在不到一年的時間內，該班學生已經在《自然》、《科學》等國際頂尖學術期刊上署名發表論文多 篇，其中，以第一作者身份在《自然》雜志發表研究論文《構建人類泛基因組序列圖譜》的羅銳邦，當時還是一個只有20歲的大三學生。一時間，基因創新班成了"明星班"。楊院士在基因科學事業以及培養一批生物基因組學及交叉學科的人才上傾盡了畢生的心血。他表示，中國已經成為基因組研究領域的領先國家，深圳華大基因這支朝氣蓬勃的優秀團隊在基因組學研究領域的技術水準已屆國際前沿，被DNA雙螺旋結構發現者之一的詹姆斯沃森稱為"是一支可以和世界上任何一個國際同類機構競爭的基因組研究機構"。
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